At the AI Facility, we support biological research through artificial intelligence technologies such as machine learning and deep learning. In particular, we aim to tackle research challenges in areas that were previously difficult to address with human effort alone. We analyze a wide range of digital data, including video images, microscopic images, and omics data. We offer support throughout the AI-driven project process, including research planning consultation, assistance in AI program creation, and support for GPU servers.
AI解析室では、機械学習やディープラーニングなどの人工知能技術による生物学研究を支援します。特に、これまで人の手だけでは困難だった領域で、新たな挑戦を目指す研究を私たちは目指しています。動画像、顕微鏡画像、オミックスデータなどの幅広いデジタルデータがAI解析の対象となります。研究計画のコンサルティング、AIプログラムの作成補助、GPUサーバーのサポートなど、AIを活用したプロジェクトの一連のプロセスを支援していきます。
未踏の学術的意義の発見につなげる生命科学と情報科学の連携研究グループ形成を目指して、本ワークショップを開催します。生命科学と情報科学の両者の分野で研究を展開している東京工業大学、基礎生物学研究所、生理学研究所、及び、中部大学の研究者や大学院生が一同に介し、「対面形式でのシーズ・ニーズマッチング」を進めることで、新たな連携研究の芽出しを目指します。
The NIBB is organizing an AI & Biology idea contest (Ideathon). Using large datasets of animal and plant photos collected through community science, what insights can be gleamed, and how might these insights be extracted? The best ideas could be selected to be implemented in the next phase of the contest, the Hackathon. Science should not be reserved for scientists and specialists, but open to everyone. Will you embark on this trip towards the future of biology with us?
基礎生物学研究所では、アイデアコンテスト(Ideathon)を開催します。対象となるデータセットは、コミュニティ科学由来の多量の生物画像です。これらの画像からどのような洞察を得られるか、また、その洞察をどのように得るかが重要です。あなたの素晴らしいアイデアが、次回開催予定の実装コンテスト(Hackathon)のテーマとなるかもしれません。科学はもはや専門家だけのものではなく、広いコミュニティに開かれたフィールドです。アイデアは国内外から広く募集します。私たちと共に、未来の生物学を形作る旅に参加しませんか?
Eiji Watanabe (Associate Professor)
渡辺 英治(准教授、室長)
Lana Sinapayen (Associate Professor)
ラナ シナパヤ(特任准教授)
Tomomi Suginaga
(Technical Staff)
杉永 友美(技術支援員)
DeepLabCut (動物の関節や身体部位を追跡するツール)
AlphaFold2 (タンパク質立体構造予測プログラム)
pytorch-image-models (画像分類)
lang-segment-anything (テキスト入力による画像認識)
segment-and-track-anything (物体のセグメンテーションと追跡)
SlowFast (行動認識・検出)
Ubuntuのインストール (Linux PC with GPUの作り方)
AI for Basic Biology Seminar 1 (AIBB1, in English)
(Open Ended Evolution in Artificial Systems, Lana Sinapayen)
AI for Basic Biology Seminar 2 (AIBB2, in Japanese)
(生物学×深層学習 スタートアップ講座、西海望&南野尚紀)
AI for Basic Biology Seminar 3 (AIBB3, in Japanese)
(生物学×深層学習 スタートアップ講座2、小山宏史&杉浦宏樹)
Python AI プログラミングトレーニングコース (PAITC, in Japanese)
(生物データ解析のためのPython講座、小山宏史&加藤輝&渡辺英治&杉浦広樹&中村貴宣&西出浩世)